로그인  회원가입    장바구니 (0)   
Softwares Stable Isotope Labeled Compounds Device Support
   Home  >  Softwares  >  Tripos
 

 

Tripos
SYBYL
Benchware
Pharsight
Analysis
Date Management
Reporting
Validation
ACD/Labs

Spectroscopy Analysis
Chromatography
PhysChem & ADME/T
Chemical Naming & Drawing
Database Management
Enterprise Solutions
ChemAxon
Desktop Applications
Discovery Toolkit
Naming
IT Platform Toolkit
Markush IP
Tools for Workflow
Scienomics
Maps platform
Quantum
Classical & Mesoscale
Informatics
Thermodynamics
Analysis tools
SynerGix
Molecular Conceptor 2
 
: Organize, analyze, and visualize chemical and biological data

Overview
Pantheon은 화합물 및 생물학적 데이터들을 정리, 분석, 시각화하여 보다 신속하게 더 나은 결정을 내릴 수 있도록 도와주는 합리적이고 확장 가능한 cheminformatics 솔루션입니다.
Pantheon을 사용하여 다음과 같은 작업을 할 수 있습니다.

· 특정 scaffold에 합성된 다양한 R-group들을 시각화
· 실험 및 결과 공유가 용이
· 흥미로운 단백질-리간드 구조에 간단한 의견을 달아 메일로 전송하는 것이 가능




Benchware Pantheon의 간단한 데모 보기:

시작하기

· Starting a new project in Pantheon

 

데이터 병합, 속성 계산, chemical spreadsheet 조작

· Merging disparate data sources into a single chemical spreadsheet
· Exporting selected rows in a spreadsheet to an .sdf file for additional study
· Filtering rows in a Pantheon spreadsheet
· Sorting rows in a Pantheon spreadsheet
· Calculating properties in a Pantheon spreadsheet

 

3D visualization
· Loading data for 3D viewing in Pantheon
· Proteins, ligands, and atom selection in Pantheon's 3D viewer
· Selecting atoms, bonds, and molecules in Pantheon's 3D viewer

 







 

: Identification And Optimization Of Lead Candidates

 

Muse™는 de novo design workflow를 제공하는 프로그램입니다. Muse의 workflow를 이용하여 희소성을 갖는 구조와 scaffold, side-chain(R-group) 등을 찾을 수 있으며 lead 후보 탐색과 optimization을 진척시켜 줄 수 있습니다. Muse는 lead structure set에 대한 shape similarity와 pharmacophoric similarity를 최적화 하는 ligand-based scoring을 기본으로 사용하고, 그 외의 scoring function들도 통합하여 사용할 수 있습니다. Muse는 어떤 scoring function(예를 들어 Tripos의 Surflex-Dock, Topomer CoMFA, Topomer Search, 또는 타사의 계산 화학 프로그램들)과도 쉽게 통합될 수 있어, 사용자가 이미 가지고 있는 추가 정보에 기반하여 실행에 변형을 줄 수 있습니다.

 

 

Muse를 이용하여 할 수 있는 일:

· Lead-Hopping, Scaffold-Hopping
· Lead Optimization
· 다수의 디자인 기준을 만족시킬 수 있는 아이디어 도출
· In-house 또는 3rd party의 scoring 방법을 손쉽게 통합하여 디자인 기준으로 사용

 







: Integrated Data Access, Analysis, and Decision Support

Overview
Benchware Discovery 360° (D360)는 연구원들이 연구 데이터에 접근하여 데이터를 분석하고 쉽게 공유할 수 있도록 해주는 프로그램 입니다. D360 시스템은 일상적인 데이터 쿼리에 대한 접근성이 좋을 뿐 아니라 깊이 있는 데이터 마이닝 기능을 제공하여 수동으로 데이터를 전송, 포맷 및 조작하는 과정을 제거함으로써 연구 생산성을 크게 향상시킬 수 있습니다.

Screenshots of D360. From the top, clockwise: The D360 dashboard with Quick-access searches, Form based report layout tool, Dataset analysis window showing multiple data viewers, Ad Hoc Query interface

D360는 클라이언트 단위의 개별 요구 사항에 맞게 구성할 수 있도록 설계되었습니다. 모듈형 다중 계층 아키텍처는 클라이언트 또는 타사 사용자 정의를 지원하므로 상업적으로 지원되는 제품 플랫폼에 대한 유지 보수 비용 절감하면서 경쟁 우위를 제공할 수 있습니다.

Benchware Discovery 360° is an Integrated Discovery Environment that provides chemists, biologists and other researchers with a single point of entry for all their data access and analysis needs. Searches, lists, analyzed and annotated datasets can be readily shared with other users and teams through a centralized workspace system.

Key Benefits

Research Management:
· 지루하고 오류가 발생하기 쉬운 수동 방식의 데이터 처리 작업을 제거하여 연구 생산성 향상
· 연구에 대한 데이터 주도 접근 장려
· 프로젝트 팀 구성원 및 부서 간의 협업과 의사소통 용이
· 중복된 실험을 줄여 직접적인 비용 절감을 주도

IT Management:
· 데이터 복구 요청에 소모되는 시간과 비용 절감
· 시스템 유지 보수에 필요 이상 사용되는 자원 절감
· IT 자원을 활용한 독점적인 과학 기술에 기반하여 부과가치 효과를 얻음

Laboratory Scientists:
· 하나의 응용 프로그램에서 여러 개의 동종 최고 데이터 분석 도구들을 사용
· 단순하고 일반적인 데이터 검색에서 보다 더 정밀한 데이터 마이닝 기능까지 모두 제공
· 데이터 검색 및 관리에 소요되는 시간을 크게 감소
· 데이터 변환 작업 자동화
· 화학 구조 스케치, 데이터 시각화 및 통계 패키지와 같이 일반적으로 사용되는 도구들과 통합

 







: 3D Chemical Visualization and Decision Support.

3D Explorer는 탁월한 그래픽과 쉬운 사용자 인터페이스를 제공하여 protein-ligand crystal structures, docking results, molecular alignments, 3D 구조 정보를 포함하는 실험 정보 등을 연구자 간에 쉽게 공유할 수 있게 하고 영상화 된 연구 결과를 제공함으로 연구의 토론 및 결정에 도움을 주는 프로그램입니다. 또한 Standard VBA scripting 기능을 포함하고 있어 사용자가 원하는 다양한 기능들을 구현할 수 있습니다.

PDB structure 1NNY displayed in Benchware 3D Explorer depicts a potent, selective protein tyrosine phosphatase 1B inhibitor. Strong, selective binding of the ligand is achieved through hydrogen bonding and shape complementarity between the ligand and the protein binding site is shown by the juxtaposition of their Connolly surfaces

 

Key Benefits
· 윈도우 PC 플랫폼 기반에서 최고로 평가 받는 molecular visualization 기능을 제공합니다.
· 직관적인 3D editor는 새로운 화합물 구조에 대한 아이디어를 제공하여 합성 전의 구조 변화가 수반하는 conformation energy 변화와
   active site내에서 binding site의 상호 interaction 변화를 확인할 수 있도록 해줍니다.
· 매크로 레코딩 기능을 제공하여 반복된 작업을 매크로 스크립트를 활용하여 단순화 할 수 있으며 연구자 간 스크립트 공유가 가능합니다.
· Hyperlinkable captions 기능을 제공하여 다양한 연구 관련 정보 및 웹 정보를 링크로 제공합니다.
· 쉬운 사용자 인터페이스를 제공하여 Modeler뿐만 아니라 Chemist, Biologist들도 모델링 결과를 쉽게 보고 이해할 수 있도록 하여 연구 정보의
   공유 및 연구 협력 관계를 도울 수 있습니다.
· VBA 기반의 development 기능을 제공하여 사용자가 필요한 다양한 기능들을 구현할 수 있습니다.

 







: Support for Chemical & Biological Data Analysis

Overview
Benchware® DataMiner는 연구자들이 화학 및 생물학적 데이터를 이해하는데 도움을 주는 프로그램 입니다. DataMiner는 분자 스프레드시트와SAR(Structure Activity Relationship) 테이블 분석을 결합하여, 화합물 구조 검색, 특성 계산 및 그래프 작성 등을 통해 단순히 화합물 구조 파일을 읽어오는 것부터 완벽한 SAR 분석까지 chemobiological 분석에 필요한 모든 기능을 제공합니다. DataMiner의 HTS 기능을 이용하여 가능성 있는 화합물들을 선택하고 우선순위를 결정하기 위해 방대한 데이터 세트를 분석하는 것이 가능하고 자동화된 fragment 기반 데이터 탐색(SAR rules)과 SAR landscape(SAR maps)의 시각화는 중요한 구조적 특성에 대한 직관적인 피드백을 줄 수 있습니다. 또한 HQSAR 기능을 이용하여 QSAR 모델을 보다 쉽고 빠르게 생성하여 신약 개발의 lead 탐색이나 lead 최적화 과정에서 생체 활성 예측의 도구로 활용할 수 있습니다. Benchware DataMiner는 신약 탐색 과정의 모든 단계에서 필수적인 기능을 제공하고 특정 연구에서 요구되는 조건에 따라 조정될 수 있으며 KNIME™ workflow engine에서 하나의 요소로 사용될 수 있습니다.
Datasets can be explored in Benchware DataMiner using spreadsheet, scatter plots, histograms, correlation coefficients, and advanced visualization such as similarity maps and bull's-eye plots for high-throughput sceening data analysis