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작성일 : 11-04-05 18:16
[Software] [Tripos] New Substructure Filters for Removal of Pan Assay Interference Compounds from Screening Libraries and Exclusion in Bioassays
 글쓴이 : 티앤제이테크
조회 : 8,871  
   http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jm901137j?prevSearch=%2528pains%25… [2942]
   https://tripos.webex.com/ec0605lc/eventcenter/recording/recordAction.d… [3030]
Virtual screening 및 HTS compound library 구축에 관련한 논문을 한 편 소개해 드립니다.

New Substructure Filters for Removal of Pan Assay Interference Compounds from Screening Libraries and Exclusion in Bioassays, J. Med. Chem. 2010, 53, 2719–2740
(해당 논문은 링크 #1을 통해 다운 받으실 수 있습니다.)

HTS (High Throughput Screening)을 하다 보면 미심쩍은 compound들이 hit으로 나오는 경우가 종종 있습니다. 특히 어떤 compound들은 일반적으로 reactive compound를 찾아내는 데 사용되는 filter들로는 걸러지지 않기 때문에 여러 문헌에서 반복적으로 등장하기도 합니다. 이 논문에서는 이런 compound들을 걸러낼 수 있는 substructure filter를 소개하고 있습니다. 해당 filter는 저자들이 PAINS※라고 정의한 substructure를 걸러내는 역할을 하게 됩니다.

저자들은 이 filter를 사용하여 군더더기 없이 깔끔한 1차 screening hit만을 포함한 136,000개 규모의 HTS compound library를 구축하였습니다. 해당 filter는 SYBYL-X 1.2 버전 이후로 SYBYL 프로그램에서 사용 가능하게 되었습니다. SYBYL에서 해당 filter를 적용하는 방법은 첨부 파일의 플래시 무비를 참조하여 주십시오.

링크 #2를 따라가시면 Tripos가 주관한 저자와의 웹 세미나를 보실 수 있습니다.

 
※ PAINS (Pan Assay Interference Compounds)?
 저자들은 screening 결과 hit으로 자주 나오지만 실질적으로는 assay interference mechanism과 연관된 것으로 보이는 rhodanine, phenolic Mannich base, hydroxyphenylhydrazone, alkylidene barbiturate, alkylidene heterocycle, 1,2,3-aralkylpyrrole, activated benzofurazan, 2-amino-3-carbonylthiophene, catechol, quinine을 PAINS로 정의하였습니다.

 
해당 논문 및 filter와 관련하여 더 필요한 부분이 있으시면 아래의 메일이나 전화로 문의 주십시오.

담당자: 조해림
Tel    : 02-838-3113
E-mail : hlcho@tnjtech.co.kr
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