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작성일 : 11-11-04 16:59
[Tripos] SYBYL Tips & Tricks: Topomer CoMFA model을 활용한 R-group 치환
 글쓴이 : 티앤제이테크 (210.♡.60.161)
조회 : 4,566  
오늘은 Topomer CoMFA 모델을 활용한 virtual screening의 결과를 R-group fragment에서 whole molecule로 가공하는 tip을 알려드리고자 합니다.

Part1. Topomer CoMFA?
우선 Topomer CoMFA가 생소하신 분들을 위해 Topomer CoMFA에 대해 간단히 말씀 드리겠습니다. Topomer CoMFA에 대해 이미 알고 계신 분들은 이 부분은 넘기시고 Part2를 봐 주십시오.
3D QSAR의 한 방법인 CoMFA는 일련의 시리즈 화합물들의 3D 구조가 갖는 특성(steric potential, electrostatic potential)과 활성(bioactivity) 간의 상관관계를 정량적으로 통계 분석하여 새로운 화합물의 활성을 예측하거나 기존 화합물의 특정 부위를 치환하여 보다 높은 활성을 갖는 새로운 구조를 설계하는데 매우 유용하게 사용되어 왔습니다.
그러나 각각의 화합물이 갖는 다양한 3D conformation 중 하나의 active conformation을 결정하고, 결정된 active conformation들을 일관성 있는 규칙에 의해 같은 공간 상에 겹쳐놓는 것(align)은 CoMFA 모델링에서 가장 중요한 과정이면서 동시에 많은 시간과 노력을 요구하는 일입니다. 또한 동일한 화합물들을 가지고도 얼마든지 다른 align 결과를 만들 수 있다는 것도 CoMFA 모델링을 어렵게 하는 한 이유입니다.
이러한 문제를 해결하기 위해 모든 화합물 구조를 일괄적으로 3D 변환한 후 각각의 화합물들을 두 개 이상의 fragment로 나누고, 해당 fragment들을 일정한 위상기하학적 규칙(topological rule)으로 align시켜 CoMFA 모델을 만드는 것이 Topomer CoMFA 입니다. (이 과정에서 생성된 fragment들을 topomer라고 합니다.)
이와 같이 Topomer CoMFA는 conformational search와 align을 과정을 자동화하여 2D 구조만을 가지고도 CoMFA 모델을 만들 수 있게 하고, 그에 걸리는 시간도 획기적으로 단축시켰습니다. 또한 숙련자와 초보자 모두 동일한 결과를 얻을 수 있게 되었습니다.
가장 유용한 점 중 하나는 그렇게 만든 CoMFA 모델을 virtual screening의 query로 하여 lead optimization에 활용할 수 있다는 것입니다.

Part2에서는 Topomer CoMFA 모델을 활용한 virtual screening의 결과를 가지고 기존 molecule에서 R-group이 치환된 구조를 만들고, 그 결과 생성된 새로운 molecule의 predicted activity를 계산하는 방법을 설명하려고 합니다.
자세한 내용은 첨부파일 'Part2.pdf'를 참조해 주십시오.


담당자: 조해림
Tel : 02-838-3113
E-mail : hlcho@tnjtech.co.kr